Pengadilan Negeri Tondano dibentuk pada tahun 1967, wilayah Pengadilan Negeri Tondano pada mulanya termasuk dalam daerah hukum Pengadilan Negeri Manado, akan tetapi setelah melihat perkembangan perkara, baik perkara perdata maupun pidana, maka dengan Keputusan Menteri Kehakiman tertanggal 10 Agustus 1967 Nomor J.B.1/3/5, dibentuklah Pengadilan Negeri Tondano dengan daerah hukum yang sama dengan wilayah Daerah Tingkat II Minahasa. Namun, kemudian dengan Surat Keputusan Menteri Kehakiman tertanggal 9 Januari 1976 Nomor J.B./1/2, maka daerah hukum Pengadilan Negeri Manado dan Tondano lalu diubah, sehingga wilayah Minahasa Utara, yaitu wilayah eks-Kewedanaan Tonsea, meliputi Kecamatan Bitung, Kauditan, Airmadidi, dan Likupang, serta Kecamatan Manado Luar Kota (Kecamatan Pineleng) dikeluarkan dari daerah hukum Pengadilan Negeri Tondano dan dimasukkan daerah hukum Pengadilan Negeri Manado.
Walaupun Pengadilan Negeri Tondano dibentuk pada tahun 1967 dengan klasifikasi Pengadilan Kelas II A, tetapi pada waktu itu belum ada gedung sendiri, sehingga untuk perkantoran hanya menyewa rumah rakyat. Bahwa pada tahun 1972/1973 Pengadilan Negeri Tondano mendapat anggaran Pembangunan Gedung Kantor, pembangunannya selesai dan diresmikan tanggal 10 Februari 1973.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI tertanggal 20 Juni 1980 Nomor M.04.PR.07.02-80, klasifikasi Pengadilan Negeri Tondano diubah dari Pengadilan Kelas II A menjadi Pengadilan Kelas I B. Kemudian dengan adanya Keputusan Presiden RI Nomor 3 Tahun 2008 tanggal 26 Januari 2008, tentang Pembentukan Pengadilan Negeri Amurang maka wilayah hukum/wilayah yuridis Pengadilan Negeri Tondano hingga saat ini terdiri dari:
1. Kabupaten Minahasa;
2. Kota Tomohon;
3. Kabupaten Minahasa Tenggara.
