Pengadilan Negeri Tondano dibentuk pada tahun 1967, wilayah Pengadilan Negeri Tondano pada mulanya termasuk dalam daerah hukum Pengadilan Negeri Manado, akan tetapi setelah melihat perkembangan perkara, baik perkara perdata maupun pidana, maka dengan Keputusan Menteri Kehakiman tertanggal 10 Agustus 1967 Nomor J.B.1/3/5, dibentuklah Pengadilan Negeri Tondano dengan daerah hukum yang sama dengan wilayah Daerah Tingkat II Minahasa. Namun, kemudian dengan Surat Keputusan Menteri Kehakiman tertanggal 9 Januari 1976 Nomor J.B./1/2, maka daerah hukum Pengadilan Negeri Manado dan Tondano lalu diubah, sehingga wilayah Minahasa Utara, yaitu wilayah eks-Kewedanaan Tonsea, meliputi Kecamatan Bitung, Kauditan, Airmadidi, dan Likupang, serta Kecamatan Manado Luar Kota (Kecamatan Pineleng) dikeluarkan dari daerah hukum Pengadilan Negeri Tondano dan dimasukkan daerah hukum Pengadilan Negeri Manado.

 Walaupun Pengadilan Negeri Tondano dibentuk pada tahun 1967 dengan klasifikasi Pengadilan Kelas II A, akan tetapi pada waktu itu belum ada gedung sendiri, sehingga untuk perkantoran hanya menyewa rumah rakyat. Bahwa pada tahun 1972/1973 Pengadilan Negeri Tondano mendapat anggaran Pembangunan Gedung Kantor, dan pembangunannya telah selesai dan diresmikan pada tanggal 10 Februari 1973. Selama pekembangan pekerjaan dan penambahan tenaga, baik teknis maupun non-teknis, maka gedung yang baru tersebut sudah tidak memenuhi persyaratan kerja, sehingga dalam tahun anggaran 1974/1975 diberikan anggaran untuk pembangunan perluasan gedung kantor. Pembangunan tersebut telah selesai dan diresmikan pada bulan Oktober 1975, dan pada tahun anggaran 1976/1977 diberikan lagi anggaran untuk pembangunan perluasan gedung kantor seluas 167 m2 dan pembangunan tersebut telah diresmikan pada tanggal 13 Oktober 1976, kemudian pada tahun anggaran 1981/1982 diberikan lagi anggaran perluasan kantor dengan perincian 72 m2 tidak bertingkat dan 368 m2 bertingkat dan sampai dengan sekarang luas bangunan kantor dan rumah dinas, yaitu:

1. Tanah Kantor seluas 7.380 m2;
2. Tanah Perumahan seluas 6.080 m2;
3. Banguan Kantor luas seluruhnya 1.875 m2;
4. Rumah Dinas Type C (14 unit) 70 m2.

 Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI tertanggal 20 Juni 1980 Nomor M.04.PR.07.02-80, klasifikasi Pengadilan Negeri Tondano diubah dari Pengadilan Kelas II A menjadi Pengadilan Kelas I B. Kemudian sehubungan dengan adanya pemekaran wilayah Kabupaten/Kota yang dahulu adalah wilayah Daerah Tingkat II Minahasa dimekarkan menjadi:

1. Kabupaten Minahasa Induk;
2. Kabupaten Minahasa Selatan;
3. Kota Tomohon;
4. Kabupaten Minahasa Tenggara.

 Kemudian dengan adanya Keputusan Presiden RI Nomor 3 Tahun 2008 tanggal 26 Januari 2008, tentang Pembentukan Pengadilan Negeri Amurang maka wilayah Pengadilan Negeri Tondano hingga saat ini terdiri dari:

1. Kabupaten Minahasa Induk;
2. Kota Tomohon;
3. Kabupaten Minahasa Tenggara.

Sejak berdirinya Pengadilan Negeri Tondano sampai saat ini, telah dipimpin oleh Ketua Pengadilan Negeri Tondano yang nama-namanya sebagai berikut:

1. L. Untung, S.H.
2. Pasaribu, S.H.
3. Sutrisno, S.H.
4. A. Kalalo, S.H.
5. Syaffudin, S.H.
6. Sukrisno, S.H.
7. Mudita, S.H.
8. Susmono Wiryodimuldjo, S.H.
9. Marcus Leuwol, S.H.
10. Nathanael Kolelupun, S.H.
11. Leatemia Abraham, S.H.
12. Suprabowo, S.H.
13. Yance Bombing, S.H., M.H.
14. Tigor Manullang, S.H., M.H.
15. Joni Palayukan, S.H., M.H.
16. Novrry Tammy Oroh, S.H., M.H.
17. Sterry M. Rantung, S.H., M.H.
18. Julien Mamahit, S.H., M.H.
19. ST. Iko Sudjatmiko, S.H., M.H.
20.  Nova Loura Sasube, S.H., M.H.